Grote upgrade voor de MyHeritage Chromosomenbrowser om DNA-matches beter te verkennen

Reacties0

We zijn verheugd om een belangrijke upgrade voor de chromosomenbrowser op MyHeritage aan te kondigen. Met deze upgrade hebben we de lat voor genetische genealogie aanzienlijk hoger gelegd. Als u de MyHeritage DNA-test hebt uitgevoerd of uw DNA-gegevens naar MyHeritage hebt geüpload, dan kunt u nu genetisch genealogisch onderzoek verrichten en meer inzicht krijgen in uw verwantschap met uw DNA-matches.

In combinatie met stamboomgegevens, zoals gedeelde voorouderlijke achternamen en gedeelde Smart Matches, kunt u allicht de gemeenschappelijke voorouders achterhalen die gedeelde DNA-segmenten hebben doorgegeven aan uzelf en aan uw DNA-matches. Vervolgens kunt de exacte verwantschapsbanden reconstrueren tussen uzelf en de DNA-matches die u interessant vindt.

Als u nog geen MyHeritage DNA-test heeft aangeschaft, dan kunt u de testkit hier bestellen of uw DNA gratis naar MyHeritage uploaden.

Overzicht

Een chromosomenbrowser is een tool die de chromosomen van een persoon grafisch in kaart brengt. De browser wordt vooral gebruikt om de gedeelde DNA-segmenten te visualiseren van mensen die DNA met elkaar gemeen hebben. We lokaliseren zulke gedeelde segmenten wanneer we uw DNA-resultaten analyseren en bepalen dat u met iemand anders matcht, omdat er voldoende gedeelde segmenten van voldoende grootte tussen u en uw match bestaan. Dergelijke gedeelde segmenten zijn een waarschijnlijke aanwijzing dat u en uw match beiden DNA hebben overgeërfd van een of meer gemeenschappelijke voorouders. Door die gedeelde segmenten te bestuderen en het DNA van nog meer verwanten te testen, is het mogelijk om te bepalen van wie de segmenten oorspronkelijk afkomstig zijn. Op basis daarvan kunnen we bepalen hoe twee mensen die hun DNA hebben laten testen met elkaar verwant zijn.

De eerste versie van de MyHeritage-chromosomenbrowser, die in januari 2018 werd uitgebracht, was een one-to-one chromosomenbrowser, die de relatie met één ander toonde. Die browser geeft DNA-segmenten weer die door u met één DNA-match worden gedeeld. Hij bevindt zich bij iedere DNA-match onderaan de pagina DNA Match Review. Meer over die basisversie leest u in onze blogpost.

One-to-one chromosomenbrowser op de pagina DNA Match Review (klik om te vergroten)

Belangrijke opmerkingen over de chromosomenbrowser

Het eerste wat u zou kunnen opmerken is dat de chromosomenbrowser 22 chromosomen toont, terwijl de mens in werkelijkheid 23 chromosomenparen heeft. Het chromosoom dat niet wordt gevisualiseerd, is het laatste en 23e chromosoom, het geslachtschromosoom, en meer specifiek het X-chromosoom. Het X-chromosoom wordt anders overgeërfd dan de andere chromosomen en vereist speciale aandacht van genealogen. MyHeritage is van plan om later in 2018 ondersteuning voor het X-chromosoom toe te voegen.

Het is ook belangrijk op te merken dat de chromosomenbrowser op MyHeritage, net als veel vergelijkbare tools, gebruikmaakt van een belangrijke vereenvoudiging. Elk chromosoompaar wordt in de browser weergegeven als één balk, hoewel in werkelijkheid ieder van ons over een chromosomenpaar beschikt, bestaande uit één chromosoom overgeërfd van onze vader en één van onze moeder. Als de chromosomenbrowser een matchend segment toont, dan wordt er niet vermeld of de match voorkwam op de moederlijke of vaderlijke zijde van het chromosoom, en of hetzelfde segment voor de persoon met wie we matchen op de moederlijke of vaderlijke zijde ligt. Als een segment getoond wordt als niet matchend (in het grijs), dan betekent dat, dat noch het moederchromosoom, noch het vaderchromosoom in dat gedeelte van het DNA-segment overeenkwam met noch het moederchromosoom, noch het vaderchromosoom van de andere persoon. Dat deel is helder. Maar als een segment als gedeeld segment voor beide mensen wordt weergegeven, dan is niet te zien of het een moederlijk of vaderlijk segment is. Het is zelfs mogelijk dat het segment dat u ziet een combinatie is van twee of meer minisegmenten, sommige moederlijk, andere vaderlijk. Deze vereenvoudiging heeft zowel voor- als nadelen. We overwegen om in de toekomst een geavanceerde optie zonder deze vereenvoudiging aan te bieden.

Nieuwe upgrade

De nieuwe chromosomenbrowser is een verbeterde versie met meer functionaliteit. U hebt nog steeds toegang tot de eenvoudige one-to-one chromosomenbrowser onderaan de pagina DNA Match Review, om al uw DNA-matches te inspecteren. Maar er is nu een nieuwe one-to-many chromosomenbrowser, die de relatie van één met vele anderen toont. Deze browser kan als zelfstandige tool via het menu DNA worden geopend.

Met de nieuwe one-to-many chromosomenbrowser kunt u uzelf (of de gegevens van een andere DNA-kit die u beheert) vergelijken met maximaal zeven door u geselecteerde DNA-matches tegelijk. Met de verbeterde chromosomenbrowser kunt u gelijktijdig onderzoeken welke DNA-segmenten u (of iemand voor wie u een DNA-kit beheert) deelt met elk van maximaal zeven DNA-matches. Dit is de uitgebreidste chromosomenbrowser die momenteel op de markt verkrijgbaar is, en MyHeritage biedt hem gratis aan!

Getrianguleerde segmenten

Op DNA-matches kan een berekening worden uitgevoerd die triangulatie heet. Er wordt bij het trianguleren met driehoeksmethoden gezocht naar segmenten die alle geselecteerde DNA-matches met elkaar delen. MyHeritage is ook de eerste die gebruikers gratis de mogelijkheid biedt om gemakkelijk getrianguleerde segmenten te bekijken. Deze functionaliteit is belangrijk om inzicht te krijgen in de relaties tussen DNA-matches, omdat het waarschijnlijker is dat getrianguleerde segmenten van een gemeenschappelijke voorouder zijn overgeërfd. Elk segment tussen twee personen is getrianguleerd maar segmenten die door drie of meer mensen lijken te worden gedeeld, hoeven niet getrianguleerd te zijn. Als u uzelf bijvoorbeeld vergelijkt met twee personen, A en B genaamd, dan kunt u zien dat u een segment met A deelt en dat u op dezelfde genomische positie een segment met B deelt. Dit hoeft niet te betekenen dat A en B in dat segment met elkaar matchen. Dit komt doordat u uw moederlijke segment met A deelt en uw vaderlijke segment met B. A en B zijn helemaal niet met elkaar verwant. Als voor een match wordt weergegeven dat hij getrianguleerd is, dan betekent dat, dat u, A en B allemaal op dat segment matchen en daarom waarschijnlijk alledrie verwant zijn. Het is waarschijnlijk dat u het getrianguleerde segment van dezelfde gemeenschappelijke voorouder hebt overgeërfd. Het valideren van triangulatie is complex, vooral als u het DNA van een grote groep mensen vergelijkt. MyHeritage doet het achter de schermen automatisch voor u.

Aan de slag

Om de nieuwe zelfstandige one-to-many chromosomenbrowser te openen, selecteert u “Chromosomenbrowser” in het menu DNA.

De pagina One-to-many chromosomenbrowser wordt geopend. Selecteer vervolgens de hoofdpersoon voor wie u DNA-matches wilt vergelijken. Klik daarvoor op de pijl naast “Vergelijken”. U kunt uzelf kiezen of één van de mensen voor wie u een DNA-kit beheert. Als er maar één DNA-kit is, die van uzelf, dan is dit onderdeel voorgeselecteerd en hoeft u niets te doen.

Selectie van de hoofdpersoon die u met anderen wilt vergelijken (klik om te vergroten)

Stel nu de vergelijkingsset samen. Dit zin de DNA-matches waarmee u de hoofdpersoon wilt vergelijken. Selecteer ten minste één DNA-match en ten hoogste zeven DNA-matches in de lijst met beschikbare DNA-matches die onderaan de pagina worden weergegeven als gedetailleerde kaarten. Iedere DNA-match die u selecteert, verschijnt in de bovenste rij. De kaart van een voor de vergelijking geselecteerde DNA-match wordt grijs gemaakt, zodat u gemakkelijk kunt zien welke DNA-matches u al hebt geselecteerd.

Selectie van DNA-matches om met de hoofdpersoon te vergelijken (klik om te vergroten)

Als u van gedachten verandert na het selecteren van een DNA-match, kunt u uw muisaanwijzer over de kaart in de bovenste rij bewegen en op de X klikken om de kaart te verwijderen.

Een DNA-match uit de vergelijkingsset verwijderen (klik om te vergroten)

De beschikbare DNA-matches worden onderaan getoond, gesorteerd op gedeeld DNA, wat betekent dat nauw verwante personen boven in de lijst staan. U kunt de zoekfunctie gebruiken om specifieke matches te vinden, indien ze lager in de lijst staan en u niet handmatig wilt scrollen om ze te zoeken. Klik vervolgens op die match om hem in de vergelijkingsset op te nemen.

Tip: selecteer DNA-matches van personen van wie u denkt dat ze met elkaar verwant zijn of die misschien uit dezelfde tak komen. Als u bijvoorbeeld een DNA-match tussen u en ene Jan Smit bekijkt en de pagina DNA Match Review vermeldt dat u en Jan beiden matchen met een andere persoon die Samantha Muller heet, dan zou het zinvol zijn om uzelf, Jan en Samantha samen in de one-to-many chromosomenbrowser te onderzoeken en te controleren of er getrianguleerde segmenten bestaan.

Als u alle DNA-matches hebt geselecteerd die u in de vergelijkingsset wilt opnemen, dan klikt u op “Vergelijken” en kan de pret beginnen!

De one-to-many chromosomenbrowser in actie

Wanneer u de vergelijking start, komt de chromosomenbrowser in actie.

Bovenaan de pagina worden nu een of meer matchkaarten weergegeven met bovenaan een gekleurde balk. Die balk geeft uw match weer met iedere door u geselecteerde DNA-match. Iedere matchkaart herinnert u aan de DNA-parameters die u met die persoon deelt (gedeeld DNA, aantal gedeelde segmenten en de grootte van het grootste segment).

Daaronder zullen, voor elk van de 22 chromosomen, de DNA-segmenten die u met elk van de geselecteerde DNA-matches deelt worden weergegeven in de kleur van de balk op de kaart. De kleurcodering helpt u de verschillende matches uit elkaar te houden. Grijze segmenten worden niet gedeeld met de DNA-match en gearceerde secties zijn niet geanalyseerd omdat ze in die gebieden onvoldoende DNA-merkers (SNP’s) bevatten.

De one-to-many chromosomenbrowser in actie (klik om te vergroten)

Getrianguleerde segmenten

DNA-segmenten die zijn omkaderd, zijn getrianguleerde segmenten – segmenten die alle geselecteerde DNA-matches met elkaar delen. Deze segmenten zijn waarschijnlijk aan allen doorgegeven door een of meer gemeenschappelijke voorouders. Getrianguleerde segmenten zijn precies wat u hoopt te vinden, omdat ze een sterke aanwijzing zijn dat alle mensen die momenteel in de chromosomenbrowser worden weergegeven inderdaad afstammelingen zijn van dezelfde gemeenschappelijke voorouder of voorouders. U weet misschien zelfs wie die gemeenschappelijke voorouders zijn, als uw stamboom ver genoeg teruggaat. Maar als ze niet in uw stamboom staan, moet u uw stamboom met meer generaties uitbreiden door meer onderzoek te doen en nieuwe informatie bij uw DNA-matches in te winnen. Misschien hebben zij van hun kant ook wat familiegeschiedenisonderzoek gedaan. U kunt de chromosomenbrowser vaak gebruiken om te begrijpen hoe u met DNA-matches verwant bent. Door deze informatie met hen te delen kunt u de discussie op gang brengen. Bijvoorbeeld door hen te vertellen dat u denkt dat u verwant bent via een bepaalde voorouder met die en die naam, die in een bepaalde periode in een bepaald land woonde. Als er bij uw match dan een belletje gaat rinkelen, hebt u bingo en hebt u een waardevolle connectie gevonden.

Soms ziet u DNA-gebieden waar alle gekleurde balken verschijnen, zonder dat er een getrianguleerd segment wordt weergegeven. Dit betekent dat u met meerdere DNA-matches op dezelfde genomische positie DNA-segmenten deelt maar dat ze die segmenten onderling niet delen. Zoals eerder uitgelegd komt dit doordat elk chromosoompaar in de chromosomenbrowser wordt voorgesteld als één vereenvoudigde balk. Er wordt grafisch geen onderscheid gemaakt tussen het chromosoom binnen elk paar dat van de moeder is overgeërfd en het chromosoom dat van de vader is overgeërfd. Als u en een bepaalde DNA-match een segment op uw moederchromosoom delen en u en een andere DNA-match een segment op dezelfde genomische positie op het vaderchromosoom delen, dan zullen die twee DNA-matches waarschijnlijk geen segment op die genomische positie met elkaar delen en kunnen ze zelfs niet met elkaar verwant zijn. In dat geval is dat segment niet getrianguleerd en wordt het niet ingekaderd.

Het voorbeeld hieronder toont een individu, haar moeder en haar vader, allemaal vergeleken in de chromosomenbrowser. Zoals verwacht deelt dit individu een heel chromosoom in elk chromosomenpaar met haar moeder, en een heel chromosoom in elk chromosomenpaar met haar vader, waardoor het hele chromosoom als een match voor beide ouders wordt weergegeven. De moeder en de vader zijn in dit geval echter niet bloedverwant en delen geen DNA met elkaar. Daarom zijn er in dit voorbeeld geen getrianguleerde segmenten, dus worden er geen kaders weergegeven. Een onervaren gebruiker kan aannemen dat moeder en vader met elkaar verwant zijn, terwijl dat niet het geval is. Vandaar het belang van getrianguleerde segmenten en een goed begrip ervan.

Als u in een desktopbrowser uw muisaanwijzer over een gedeeld DNA-segment beweegt, al dan niet getrianguleerd, dan ziet u de genomische positie van het gedeelde segment, de grootte van het segment en het aantal SNP’s.

Informatie over een getrianguleerd segment weergeven (klik om te vergroten)

Geavanceerde opties

Als standaardinstelling worden getrianguleerde DNA-segmenten pas omkaderd als ze minimaal 2 cM groot zijn. U kunt deze drempelwaarde in de vervolgkeuzelijst bovenaan de pagina verhogen naar 4, 6 of 8 cM. Het verhogen van de minimumgrootte zal erin resulteren dat er minder getrianguleerde segmenten worden weergegeven maar dat de omkaderde segmenten betrouwbaarder zijn als bewijs van afkomst van een gemeenschappelijke voorouder en dat er geen ruis is door zeer verre voorouders.

Selectie van de minimale drempelwaarde voor getrianguleerde segmenten (klik om te vergroten)

Segmentgegevens exporteren

Er zijn een aantal uitstekende tools van externe leveranciers om DNA-segmenten te visualiseren, bijvoorbeeld DNA Painter. Ook kan het zijn dat u uw matches offline wilt bekijken. Voor deze doeleinden bieden we de mogelijkheid om segmentgegevens te exporteren.

Onderaan de one-to-many chromosomenbrowser, onder de visuele weergave van de chromosomen, staat een tabel met gedetailleerde informatie over de met iedere DNA-match gedeelde DNA-segmenten en de getrianguleerde segmenten die alle geselecteerde DNA-matches gemeen hebben. U kunt deze informatie naar het klembord kopiëren of op “Geavanceerde opties” klikken om alle informatie uit de tabel te exporteren en te downloaden.

Gegevens over gedeelde DNA-segmenten en de exportopties in het menu Geavanceerd (klik om te vergroten)

Hoewel we nooit zouden toestaan dat een andere gebruiker uw ruwe DNA-gegevens downloadt, moeten we u toch op het volgende attent maken. Een andere gebruiker die een segment met u deelt en de positie en grootte daarvan kan bekijken, kan de genotypen die u in dat specifieke segment in uw DNA bezit, afleiden door uw gegevens met zijn of haar eigen gegevens te combineren. Gebruikers die liever voorkomen dat andere gebruikers die hun DNA-segmenten delen de details van gedeelde segmenten bekijken, kunnen zich voor deze functie afmelden door gebruik te maken van een nieuwe privacyinstelling die we voor dit doel hebben toegevoegd.

Meer familieleden testen

De chromosomenbrowser illustreert hoe nuttig het is om het DNA van andere verwanten te laten testen. U kunt bijzonder waardevolle ontdekkingen doen wanneer u bekende verwanten van beide kanten van uw familie (aan wie u gevraagd hebt om een DNA-test te doen) samen trianguleert met voorheen onbekende verwanten.

Het is het beste om te beginnen met het testen van uw nog levende grootouders en ouders. Waarom is dit zo belangrijk? De DNA-matches die u voor uw directe voorouders ontvangt, zijn ook met u verwant. Uw voorouders bezitten echter meer van het originele DNA van uw familie dan u van hen hebt overgeërfd. U verhoogt uw kansen om verwanten te ontdekken door uw ouders en grootouders te laten testen in plaats van op uw eigen matches te vertrouwen. Als best practice raden we altijd aan om de oudsten in de familie te testen, zolang het nog kan.

Door meer familieleden te laten testen, wordt het voor u ook gemakkelijker om van uw eigen matches gebruik te maken en inzicht in de verwantschapsbanden te krijgen. Als uw grootouders niet meer in leven zijn, dan kunt u een van hun broers en zussen of neven en nichten vragen om zich te laten testen. Naast uw ouders is het ook handig om hun volle neven en nichten en achterneven en -nichten te laten testen.

Stel dat er een tak in uw stamboom is die u in het bijzonder interesseert en waarin u meer verwanten wilt achterhalen. Stel dat een achterneef van uw moeder uit die tak nog steeds in leven is en toestemt in een DNA-test die u voor hem regelt. Laten we nu aannemen dat de DNA-resultaten valideren dat dit inderdaad haar achterneef is en er dus geen verrassingen zijn. Dan heeft uw onderzoek een uitstekende impuls gekregen. U kunt uw match met de achterneef van uw moeder bekijken en de gedeelde matches analyseren – die matches die u met die persoon deelt. U kunt ze in de one-to-many chromosomenbrowser bekijken en naar getrianguleerde segmenten zoeken. Het vinden van een match die trianguleert met u en de achterneef van uw moeder betekent dat u een familielid hebt gevonden dat afstamt van uw betovergrootouders, die gemeenschappelijke voorouders van u en uw moeders achterneef zijn.

Of het kan een verder verwijderde gemeenschappelijke voorouder zijn, een voorouder van uw betovergrootouders. Maar nu hebt u – tussen de duizenden DNA-matches die u op MyHeritage kunt hebben – de vinger kunnen leggen op personen in die specifieke familietak die u het meest interesseert. U kunt met hen in contact komen, erachter komen wat ze over hun familie weten en proberen hun stamboom met de uwe te verbinden. Door het testen van extra familieleden, met enige ervaring en doorzettingsvermogen, en door gebruik te maken van de tools voor genetische genealogie die MyHeritage blijft verbeteren, en door de grote DNA-database op MyHeritage die dagelijks met duizenden resultaten groeit, zult u versteld staan van de ontdekkingen die u kunt doen.

Nieuw: De lijst met DNA-matches exporteren

We maken van deze blogpost gebruik om de release van een andere nieuwe functie aan te kondigen, die niets met de chromosomenbrowser te maken heeft. Onze gebruikersgemeenschap vroeg hierom en we hebben geluisterd. Gebruikers wilden de mogelijkheid hebben om hun volledige lijst met DNA-matches gemakkelijk te exporteren en we bieden hun die mogelijkheid graag. Het exporteren van de lijst met matches is nuttig als u de matches bijvoorbeeld in een spreadsheet wilt bekijken of als u ze in andere tools wilt importeren. Deze functionaliteit is nu beschikbaar. Op de pagina DNA Matches vindt u een menu “Geavanceerde opties”. Daar kunt u uw volledige lijst met DNA-matches exporteren. U kunt vanuit dit menu ook alle gegevens over gedeelde DNA-segmenten in één keer voor alle DNA-matches exporteren. Het uitvoeren van deze opties duurt enkele minuten, dus u ontvangt een e-mail met de gevraagde informatie als bijlage.

Nieuw: exporteeropties in het menu “Geavanceerde opties” op de pagina DNA Matches.

Tot slot

De nieuwe one-to-many chromosomenbrowser, waarin getrianguleerde segmenten kunnen worden weergegeven, is een uitstekende aanvulling op het groeiende arsenaal aan handige tools voor genetische genealogie van MyHeritage. Uw DNA-matches zijn nu nuttiger en zinvoller. En het mooiste is dat deze geweldige tool helemaal gratis is.

Nieuw is ook de mogelijkheid om de lijst met DNA-matches te exporteren, samen met een aantal andere exportmogelijkheden.

We hopen dat u van deze functies zult genieten en ze zult gebruiken om spannende nieuwe ontdekkingen te doen.

We helpen onze gebruikersgemeenschap er graag bij om hun vastgelopen onderzoek weer vlot te trekken en inzicht te krijgen in de wijze waarop ze verwant zijn met familieleden die ze via DNA-matches hebben ontdekt.

Blijf op de hoogte: we werken aan nog meer tools voor genetische genealogie en zullen die in de nabije toekomst vrijgeven.

Plaats een reactie

Het e-mailadres blijft privé en wordt niet gepubliceerd